Có hai cách làm lạnh trong kho lạnh đó là làm lạnh trực tiếp và làm lạnh gián tiếp.
Đối với việc làm lạnh trực tiếp:
Đây là phương pháp làm lạnh bằng dàn bay hơi đặt trong kho lạnh, hoạt động theo nguyên tắc môi chất lạnh lỏng sôi thu nhiệt của môi trường cần làm lạnh. Khi làm lạnh trực tiếp có thể sử dụng dàn lạnh đối lưu tự nhiên hoặc đối lưu cưỡng bức.
Phương pháp này có ưu điểm là khi cảm biến nhiệt trong máy lạnh đo được nhiệt độ theo yêu cầu thì việc làm lạnh trực tiếp từ khi mở máy tới khi đến lúc kho đạt được độ lạnh cần thiết sẽ nhanh hơn. Đồng thời nhiệt độ kho lạnh có thể được giám sát theo nhiệt độ sôi cần thiết của môi chất, nhiệt độ sôi này xác định qua nhiệt kế của đầu máy hút nén. Tuy nhiên đối với hệ thống làm lạnh lớn thì lượng môi chất vào máy khá là lớn nên khả năng rò rỉ của môi chất sẽ cao vì thế khó dò tìm được chỗ rò rỉ để xử lý. Hơn thế nữa việc trữ lạnh của dàn lạnh trực tiếp bị kém đi , nếu máy lạnh ngừng hoạt động thì dàn lạnh cũng hết lạnh một cách nhanh chóng.
Đối với việc làm lạnh gián tiếp:
Đây là phương pháp làm lạnh bằng các chất tải như muối…. Khi ở trong buồng, chất tải lạnh bị nóng lên do buồng lạnh thu nhiệt. Sau đó chất tải bay hơi thì nhiệt độ hạ xuống bằng nhiệt độ yêu cầu. Hoạt động này được tuần hoàn liên tục.
Đối với giàn lạnh gián tiếp thì hệ thống lạnh có độ an toàn cao, chất tải lạnh không cháy cũng không nổ và không độc hại với cơ thể con người vì thế không ảnh hưởng tới quá trình bảo quản sản phẩm. Với dung dịch chất tải lạnh có khả năng trữ lạnh lớn sau khi máy ngừng hoạt động và độ lạnh có khả năng duy trì lâu dàu hơn đây là ưu điểm lớn hơn so với việc làm lạnh trực tiếp. Tuy nhiên năng suất lạnh của máy lạnh sẽ bị giảm do chênh lệch nhiệt độ lớn và sẽ tốn năng lượng bổ sung cho cánh khuấy chất tải lạnh.